Семейства белков. Мотив и распознающее правило. Бд pfam, InterPro. А. Б. Рахманинова, 2010, второй семестр



Дата11.11.2017
өлшемі445 b.


Семейства белков. Мотив и распознающее правило. БД Pfam, InterPro.


Первые же попытки классификации коллекций аминокислотных последовательностей показали существование



Мотив ?

  • Мотив в аминокислотной последовательностинабор консервативных остатков, важных для функции белка и расположенных на определенном (обычно коротком) расстоянии друг от друга в последовательности.

  • Мотив структуры (структурный мотив)часто встречающийся в белках элемент пространственной структуры (-спираль, -шпилька, -поворот, 4-х-спиральный пучок, ТИМ-баррель).





PROSITE ─ БД белковых доменов, семейств и функциональных сайтов. Содержит описание объектов + описание паттернов, профилей и правил для их обнаружения.











Домен







http://pfam.sanger.ac.uk

  • http://pfam.sanger.ac.uk

  • Большая коллекция семейств доменов

    • Для каждого семейства есть множественное выравнивание и профиль-HMM .
  • Состоит из 2-х частей:

    • PfamA – курируемая часть, покрывает 76% UniProt
    • PfamB – большое число маленьких семейств из автоматически сгенерированной базы доменов, не вошедших в PfamA (раньше – ProDom, теперь – ADDA) .
  • Удобна для анализа доменной структуры белков.





Сравнение



Создание интегрированной базы данных InterPro



Entry types in InterPro

  • Family  group of evolutionarily related proteins, that share one or more domains/repeats in common.

  • Domain  independent structural unit which can be found alone or in conjunction with other domains or repeats.

  • Repeat  region occurring more than once that is not expected to fold into a globular domain on its own.

  • PTM (post-translational modification)  The sequence motif is defined by the molecular recognition of this region in a cell.

  • Active site  catalytic pockets of enzymes where the catalytic residues are known.

  • Binding site  binds compounds but is not necessarily involved in catalysis.



Осторожно: белковое семейство…..

  • Интуитивно понятно:

  • Семейство - группа белков, имеющая общее происхождение.

  • Аминокислотные последовательности выравниваются по всей длине со значимым весом и

  • имеют сходную доменную структуру.

  • Мнения расходятся, когда речь идет о критериях:

  • насколько должны быть похожи белки одного семейства (id>=30%, id>= 50%) ???

  • должны белки одного семейства иметь в точности одну и ту же доменную структуру?



Каталог: FBB -> year 09
year 09 -> Методические указания Скопируйте данный вам файл в директорию Practice4 и переименуйте так: XXXXXXX nuc fasta
FBB -> Регенерация классификация регенерационных процессов
FBB -> Лекция 3 Тучность. Метаболический синдром. Тучность (ожирение)
FBB -> Программа курса «Микробиология»
FBB -> Закон чистоты гамет. Суть и доказательства. Закономерности наследования, открытые Г. Менделем
FBB -> Задача для студента 1 или 2 курса
FBB -> Сперматогенез
FBB -> Какие программы использовались


Достарыңызбен бөлісу:


©stom.tilimen.org 2019
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет