Белки в организме Белки составляют ~15% массы тела среднего человека. Функции белков: структурные белки, каталитические белки, транспорт и депо, регуляторные и рецепторные белки и белки иммунной системы (защитные), моторная и сократительная функции Большинство тканей тела состоит из белков. Многие болезни имеют причиной модификацию тех или иных белков.
Какой процент человеческого протеома имеет известную структуру ? Крупные фармацевтические компании выявили множество структур, но большинство из них не депонировано в Protein Data Bank. ~40,000 генов в человеческом геноме. ~25,000 записей в Protein Data Bank: - a. ~5,600 точных записей хорошего качества.
- b. ~1,100 из них – человеческие белки
- c. И эти записи в основном – единичные домены или фрагменты белков.
Ответ (эмпирический): ~1% Ответ (моделирование гомологов): ~20% доменов
Разнообразие белков
Уровни структур белков Первичная структура – последовательность аминокислот Вторичная структура – локальная организация полипептидной цепи без учёта возможных конформаций боковых цепей (R групп). Третичная структура – 3D структура всего протеина, включая конформации боковых цепей. Четвертичная структура – 3D структура организации субъединиц белка.
Аминокислоты
Аминокислоты
Аминокислоты – боковые цепи
Пептидные связи
Пептидные связи
Аминокислоты Боковые цепи
Аминокислоты Боковые цепи
Первичная структура – последовательность аминокислот Вторичная структура – это локальная организация главной полипептидной цепи без учёта конформаций отдельных боковых групп (R групп).
Вторичная структура. спираль ( helix) - H связь: N-H i -> C=O i+4
- Linus Pauling, Robert Corey, Max Perutz
Правозакрученная спираль. Правозакрученная спираль. Каждая аминокислота соответствует повороту на 100° - 3,6 аминокислоты на виток и трансляции на 1,5 Å вдоль оси.
Вторичные структуры. структуры
Вторичные структуры. структуры Геометрия
структуры - представление
Обратные повороты и петли
Super Secondary элементы: мотивы
Ramachandran Plot
Ramachandran Plot
Домены
Основные структуры белков Третичная структура – 3D структура всего белка с учётом конформации боковых цепей. Четвертичная структура – 3D организация субъединиц (доменов) и белков в надмолекулярные комплексы
-/ 3D белковые структуры
α+β 3D белковые структуры
Достарыңызбен бөлісу: |